武夷山国家公园动植物种类繁多，古老孑遗树种众多，有生物“避难所”之称。目前，武夷山国家公园已经记录到高等植物2799种、各类动物7400多种。

武夷山还被誉为“鸟的天堂”“蛇的王国”“昆虫的世界”和“研究亚洲两栖爬行动物的钥匙”。

为了更好地保护生物多样性，武夷山国家公园已建立智慧管理平台，综合运用智能化技术，采用无人机、红外相机、巡护记录仪等设备进行网格化巡护，实现对国家公园“天空地”全方位、全天候监测管理，提升了生态资源保护能力。

目前，武夷山已启动了为期三年的生物资源本底调查。本底调查主要涉及生态系统、植被、高等植物、陆生脊椎动物、水生生物、昆虫、微生物等方面，掌握各生物类群数量、分布特征及其动态变化。同时，还要开展信息资源库和信息采集系统建设，建立标准化的数据采集和存储系统，为进一步提高武夷山国家公园科研监测水平、提升科研监测管理能力奠定基础。

经过近几年的调查，武夷山国家公园已发现4个新物种：福建天麻、雨神角蟾、武夷凤仙花和武夷山对叶兰。

保护生物多样性需要公众参与。如今，武夷山国家公园周边很多村民生活、做饭、制茶都用上了液化气和电，不会再到山上去砍柴火；大家现在也不吃野味了。保护生物多样性已成为武夷山国家公园及其周边群众的自觉行为，村民也已成为武夷山生物多样性的保护者。