泉州与台湾一水之隔，最近处之惠安崇武港与台中梧栖港相距仅98海里，泉州的国家一类口岸后渚港离高雄港165海里、基隆港195海里、台中港115海里，肖厝港离高雄194海里、基隆港178海里、台中港94海里。
早在北宋就有泉州人到台湾北港、澎湖一带交易，明黄承玄《条议海防事宜疏》载："濒海之民，以渔为业，其采捕于澎湖北港之间，岁无虑数十艘。"明代黄吾野有诗吟故乡惠安崇武"海接东南一夜舟"、"击楫日通彰化米"之句。到清代，泉州湾三湾十二港船舶往返两地"群趋若鹜"。从各港口启程，快则八更，慢者两昼夜，即达台湾。清政府在乾隆四十九年（1784），开放泉州蚶江港与台湾鹿港对渡，泉州湾内港的航线，出日湖，罗盘坐"乙辛"，水程八更，一昼夜直达，"其视鹿仔港直户庭耳"。当年泉州先民称之"潦水过台湾"，其视海沟浅浅可涉而过。
现在泉州421公里沿海线上，已分别在泉港区的肖厝港、惠安的崇武港、丰泽区的后渚港、南安的石井港、石狮的祥芝港、梅林港和晋江的东石港、深沪港等地设立9个台轮来靠停泊点，并在晋江金井的围头港辟立对台海上贸易交货点。每年接待来靠避风、补给、求助、探亲、旅游、小额贸易台轮1500艘次，6000人次上下。2002年泉州港被增列为对台通航港口，成为福建沿海对金、马、澎及台湾客货运直接往来的港口。
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