唐、五代以来，中原地区战乱不断，人民大批向南迁移到东南地区尤其是福建。而东南地区的开发、生产力水平的提高，又反过来进一步吸收北方人民南移。东南地区本来就山多地少，移民的不断增加，加上寺院经济的恶性膨胀，致使沿海尤其是福建出现人多地少、生活难以维持的状况。到宋、元时期，开始有一定规模的汉人渡 过海峡，向澎湖、台湾移民。他们在那里建造茅屋，在海上捕鱼、捞贝，在陆地种植胡麻、绿豆，从事耕作。
　　随着移民的增加，中国政府也开始加强对澎湖、台湾的管理。公元12世纪下半叶，南宋已在澎湖驻军，隶属泉州晋江县管辖。元朝灭亡南宋、统一全国后不久，忽必烈于公元1291年（元世祖至元二十八年）10月，应海船副万户杨祥的请求，任命杨祥为宣慰使，佩金符，吴斗志为礼部员外郎、阮鉴为兵部员外郎，佩银符，带兵六千前往流求招降。船行不久，到达一个地面低、形状狭长的岛屿，杨祥以为到达流求，命刘闰率200余人分乘11艘小船上岸。岛上的人听不懂汉话，双方发生冲突，元军被杀3人，被迫撤回船上，回到澎湖，元朝的首次招降失败。公元1297年（无成宗元贞三年），元成宗改福建行省为“福建平海等处行省”，并将治所由福州迁往泉州，目的就是要继续经营流求。据元代地理学家汪大渊所著《岛夷志略》记载，在元世祖末年，大约公元1292年至1295年间，元朝政府在澎湖正式设立巡检司，官位九品，主要职责是负责查缉罪犯，并兼管办理盐税。澎湖巡检司位阶很低，且元朝政府每年在澎湖征收的盐税也少得可怜，只有11锭25两，但它说明中国政府已经在澎湖地区设置行政管理机构，行使管辖权。（来源：中国历史文化信息网）