福州、厦门观鸟会自２００３年１０月起开始在福建沿海寻找黑嘴端凤头燕鸥，从２００４年４月到２００５年１月，对从福建最北端的福鼎星仔列岛到最南端的东山狮屿的近６０个岛屿进行了海洋鸟类资源调查，最终于２００４年８月８日，在长乐市文岭镇江墘头村附近的闽江入海口处汶母顶发现２只黑嘴端凤头燕鸥栖息。
　
    中国科学考察队最近首次连续在五个繁殖季节对黑嘴端凤头燕鸥进行考察。结果显示，这种珍稀鸟类的全球总数在三年间减少了一半，已经下降至不足５０只。专家预言，若不马上执行保护行动，不出五年，这种珍稀鸟类就会永久消失。
　
    导致黑嘴端凤头燕鸥数量剧减的主要原因是捡取鸟蛋的不法行为越来越猖獗。针对黑嘴端凤头燕鸥所面临的灭种危险，杨轶琴建议：加强繁殖地的保护力度，制定相应的保护法规，严控福建沿海特别是长乐闽江入海口一带海鸟蛋的捡拾与贩卖活动，给黑嘴端凤头燕鸥繁衍创造良好的环境。